Lincoln Eco-Seis (McGregor) y Jordan Delta-Dos (Johansson) se encuentran entre los cientos de residentes de un complejo cerrado a mediados del siglo XXI. Al igual que todos los habitantes de este entorno cuidadosamente controlado, todo en sus vidas cotidianas está controlado, aparentemente por su propio bien. La única salida-y la esperanza que todos comparten-es ser elegido para ir a "La isla"- el último rincón sin contaminar del mundo tras un desastre ecológico que, según se dice, se cobró las vidas de todos los habitantes del planeta... excepto las de ellos.

Lincoln, que últimamente se ve acosado por pesadillas inexplicables, está inquieto y se cuestiona cada vez más las restricciones que le han impuesto a su vida. Pero la verdad le coge desprevenido cuando su creciente curiosidad le lleva al terrible descubrimiento de que todo sobre su existencia es mentira, que La Isla es un cruel engaño... y que él, Jordan, y todos aquéllos a los que conocen son más valiosos muertos que vivos. Sin tiempo que perder, Lincoln y Jordan emprenden una arriesgada huída a un mundo exterior que nunca han conocido. Una vez que están en el exterior y lejos de la indiscreta mirada del instituto, la inocente amistad que compartieron comienza a convertirse en algo más profundo. Pero con las fuerzas del complejo persiguiéndoles de forma implacable, Lincoln y Jordan tienen una misión primordial: vivir.