El mito de Bourne vuelve a sumergirnos en el oscuro mundo del experto asesino Bourne (Matt Damon), que continúa atormentado por pesadillas inconexas que proceden de su existencia anterior. Las amenazas que se ciernen sobre él son aún mayores en esta nueva aventura pero Bourne sabe manejarse con pericia en las turbulentas aguas del espionaje internacional, repletas de tramas de la CIA, agentes de incógnito y alianzas secretas y siempre cambiantes. Al mismo tiempo que se enfrenta a todo esto, Bourne sigue luchando por desvelar la verdad sobre los recuerdos que le atormentan y encontrar respuestas sobre su fragmentado pasado.

Jason Bourne pensaba haber dejado atrás su pasado. Pero ahora ese pasado vuelve a por él. Bourne y Marie (Franka Potente) han mantenido una existencia anónima y clandestina, al precio de una movilidad permanente. Impulsado por pesadillas fragmentarias y atormentado por un pasado que no acaba de recordar, Bourne traslada a Marie de una ciudad a otra, tratando de ir un paso por delante de una amenaza implícita en cada mirada de una persona extraña, en cada llamada telefónica "equivocada"... temiendo a cada segundo que, sin previo aviso, vuelva a verse inmerso en ese mundo que espera haber dejado atrás.

Cuando un agente aparece en la tranquila villa que los alojaba, Bourne y Marie interrumpen su vida normal y salen disparados: cuando su pasado asoma por la puerta, es la única opción que le queda. Pero el juego global del ratón y el gato ha vuelto a comenzar, obligando a entrar en acción al Jason Bourne creado por Treadstone, el operativo secreto, ahora desmantelado, del que ha surgido un grupo de implacables asesinos profesionales.