La historia transcurre entre dos mundos paralelos, el Londres actual y la futurista metrópoli Ciudad Intermedia, dominada por la fe. FRANKLYN cuenta la trayectoria de cuatro personas cuyos destinos se cruzan bajo el manto del romance y de la tragedia. Dos mundos tan dispares colisionan, y una bala solitaria determinará la suerte de los personajes.
Sinopsis larga
Jonathan Preest (RYAN PHILLIPPE) es el temido centinela de Ciudad Intermedia, un mundo donde la religión es ley. Preest, el único ateo de la metrópoli, se enfrenta a la sociedad y se esconde de los Clérigos, la policía de la ciudad. Delatado por el soplón Culebras, es detenido después de una persecución por los tejados. Abandonado a su suerte en una celda, Preest no puede dejar de pensar en la muerte de su último cliente, una chica joven, a manos de su enemigo nato, El Individuo. Jonathan Preest jura vengarse.
Emilia (EVA GREEN) es una chica guapa de buena familia que vive en el Londres actual. Harta de ser obligada a participar en una terapia con su madre, a la que desprecia, se ha convertido en una mujer cínica y depresiva. Vive con todas las comodidades en un piso bohemio, donde filma sus intentos de suicidio para su trabajo de graduación en una escuela de Arte.
También está Milo (SAM RILEY), un apuesto y joven profesional al que su prometida abandonó en el mismo altar. Una mañana, Milo cree reconocer en la calle a su amiga de infancia, Sally (EVA GREEN hace un doble papel). Decidido a volver a verla, empieza a buscarla por todas partes. Consigue encontrarla en la escuela donde ella enseña. Milo vuelve a enamorarse y quedan para cenar. Milo va a ver a su madre y esta le dice que Sally era una amiga imaginaria de cuando él era niño.
De vuelta a Ciudad Intermedia, el jefe de los Clérigos, Tarrant, libera a Preest. Los Clérigos se han enterado de que El Individuo vuelve a la ciudad y quieren que Preest se encargue de él. Preest sonsaca información a Culebras y se entera de que El Individuo le encontrará.
Peter Esser (BERNARD HILL), un hombre con profundas creencias religiosas, ha llegado al Londres actual para buscar a su hijo David, un veterano de la Guerra del Golfo con graves problemas que acaba de escaparse del hospital psiquiátrico. Peter Esser va a ver a Bill Wasnik, un ex compañero de David, y a Tarrant, el oficial encargado de su hijo. Así se entera de que David empezó a odiarle después de la muerte de su hermana. Bill Wasnik le da una dirección donde cree que quizá pueda estar David.
Milo es consciente de que todo son imaginaciones suyas, pero curiosamente, algo le empuja a acudir a su cita con la inexistente Sally. El padre de David, Peter Esser, va al mismo restaurante con la esperanza de encontrar a su hijo. Entretanto, David, con la excusa de que es el nuevo vecino, se cuela en el piso de Emilia, cuyas ventanas dan al restaurante donde están los dos hombres.
Ahora ya es obvio que Ciudad Intermedia solo existe en la imaginación de David Esser, que él es Jonathan Preest. Su mente torturada ha transformado a su padre en El Individuo, el hombre al que debe matar.
David alza el rifle, agazapado detrás de la ventana de Emilia, sin saber que ella se encuentra en medio de otro intento de suicidio, esta vez dejando el gas abierto. En el restaurante, Milo se despide de Sally para siempre. David dispara.
Falla el tiro y, en vez de darle a su padre, hiere a Milo. En ese momento, David ve la realidad, reconoce a su padre y se da cuenta de lo que ha hecho. Prende el mechero y el piso se incendia. Emilia consigue escapar a tiempo y ya en la calle se encuentra con Milo, herido. Se miran y nace un amor predestinado.