Harry Potter (Daniel Radcliffe) no ha tenido un buen verano. No sólo ha tenido que aguantar a su autoritarios tíos Petunia (Fiona Shaw) y Vernon Dursley (Richard Griffiths) y el terror que tienen a sus poderes mágicos, sino que también parece que los mejores amigos de Harry, Ron Weasley (Rupert Grint) y Hermione Granger (Emma Watson), le han olvidado, puesto que no han respondido a una sola de sus cartas. Entonces, repentina y misteriosamente, aparece Dobby, el elfo doméstico, en el dormitorio de Harry y le dice que correrá un gran peligro si trata de volver al Colegio Hogwarts de Magia y Hechicería.

Dobby está tan decidido a evitar que el joven Gryffindor vuelva a Hogwarts que ha impedido que toda la correspondencia de Ron y Hermione llegue a Harry. Pero, a pesar de los traviesos esfuerzos del elfo, el siempre decidido Harry es rescatado de las sombrías garras de los Dursley por Ron y sus hermanos, ¡con la ayuda de un coche volador!, y es llevado al calor del hogar de los Weasley.

Pero cuando a Harry y Ron les impiden sospechosamente entrar en el andén 9 Ÿ y subir al Expreso de Hogwarts para volver al colegio, los chicos toman medidas de emergencia para evitar llegar tarde para el nuevo trimestre sólo para provocar la ira del profesor Snape (Alan Rickman), que exige su expulsión después de que estrellen el Ford Anglia volador contra el Sauce Boxeador encantado de Hogwarts.

Mientras tanto, las noticias del heroísmo de Harry durante el primer año se han extendido por todo Hogwarts y se ve convertido en el centro de una atención no deseada. Entre sus nuevos fans se encuentran la hermana pequeña de Ron, Ginny (Bonnie Wright); el aspirante a fotógrafo de primer año, Colin Creevey (Hugh Mitchell); y, lo que es más irritante, el nuevo profesor de Defensa contra las Artes Oscuras, Gilderoy Lockhart (Kenneth Branagh).

Eclipsado sólo por su propia vanidad, Lockhart ansía la atención que Harry rechaza y está deseoso de asociarse con el joven héroe de Hogwarts. Pero ni siquiera Lockhart puede ofrecer una explicación ni una solución al nuevo y siniestro terror que se está apoderando del colegio.
Ahora todos los ojos están puestos en Harry, y sus amigos están empezando a dudar de él. Todo el mundo, es decir, excepto Ron, Hermione y la frágil y joven Ginny, cuyo interés se ha centrado en su nuevo y misterioso diario.

Pero Harry no va a decepcionar a sus amigos y, con o sin el apoyo de Gilderoy Lockhart, se enfrentará a la oscura fuerza que acecha en su querido colegio.