Cuando Jake encuentra unas pistas que conducen a un misterio de realidades y épocas alternativas, descubre un refugio secreto conocido como el hogar de Miss Peregrine para niños peculiares. A medida que Jake empieza a conocer detalles sobre los residentes y sus habilidades inusuales, se da cuenta de que la seguridad es una ilusión y que el peligro acecha en forma de poderosos y ocultos enemigos. Jake debe descubrir lo que es real, en quién puede confiar y quién es él en realidad.