Aidan Quinn empezó su carrera como actor en los escenarios de su ciudad natal en Chicago, interpretando tiempo después el papel protagonista en la obra moderna de Robert Falls Hamlet. En Nueva York, interpretó en Broadway el papel de Stanley Kowalski en Un tranvía llamado deseo, que le valió un premio Theatre World. Fuera de Broadway, trabajó en la obra de Sam Shepherd Loco por amor y Lie of the Mind, por la que ganó el premio Drama Desk. También pudimos ver a Quinn en The Exonerated, representada en el Festival de Edimburgo, en Dublín y en el West End de Londres, además de haber trabajado con Al Pacino en Salomé bajo la dirección de Estelle Parsons. Por otra parte, interpretó el papel de Brutus en el Public Theatre, con David Straithairn y Brian Dennehy, en Conversations in Tusculum de Richard Nelson.
Otros trabajos en televisión de Quinn incluyen el drama innovador sobre el SIDA An Early Frost, por el que obtuvo una nominación al premio Emmy, See You in My Dreams con Maria Gay Harden, basado en los cuentos de Sam Shepherd y el papel principal en Forbidden Territory: Stanleys Search for Livingston, con Nigel Hawthorne. Además, ha protagonizado Entierra mi corazón en Wounded Knee de la HBO por la que obtuvo la nominación al Emmy; además de la premiada película para televisión Empire Falls y el papel protagonista en la serie The Book of Daniel (El libro de Daniel).
En Irlanda, Quinn protagonizó y fue productor ejecutivo de la película Un viaje desde el corazón, escrita y dirigida por su hermano Paul y filmada por su hermano Declan, un cineasta también premiado. Por otra parte, protagonizó con Pierce Brosnan Evelyn, de Bruce Beresford y, más tarde, Los niños de San Judas, estrenada en el festival de Sundance y en el de Tribeca en 2003, por la cual obtuvo la nominación al premio Irish Film and Television Award (IFTA) al Mejor Actor de Película. También apareció en la película de su hermana Marian Quinn 32A, en A Shine of Rainbows de Vic Sarin y en The Eclipse de Conor McPherson, por la que ganó un IFTA al Mejor Actor de Reparto.
Quinn ha protagonizado más de 45 películas, algunas de ellas son: Buscando a Susan desesperadamente, Procedimiento ilegal, The Playboys, Avalon, Benny and Joon, Leyendas de pasión, Michael Collins, Looking for Richard, Caza al terrorista, Música del corazón, Songcatcher, Jonah Hex y Flipped. Obtuvo la nominación en 2005 al premio Independent Spirit por la película de Lisa Cholodenko Cavedweller y co-protagonizó con Meryl Streep la película independiente Un asunto muy oscuro (Dark Matter), estrenada en 2007 en el Festival de Cine de Sundance.
Le podemos ver en otras películas independientes como: The 5th Quarter, Festival of Lights, The Stand Up, The Greening of Whitney Brown, Rushlights, If I Were You, con Marcia Gay Harden y The Exodus of Charlie Wright, con Andy Garcia.