Originario de Cañamares (provincia de Cuenca) Alberto San Juan estudió Ciencias de la Información y siguió cursos en la Escuela de Cristina Rota.

Aunque justo al acabar estos estudios de interpretación participó en Morirás en Chafarinas (1995), la fama le empezó a venir en el mundo de la televisión. Series como Este es mi barrio y Más que amigos hicieron que su rostro empezara a hacerse popular.

Se consagró en el mundo de la gran pantalla con el film Airbag de Juanma Bajo Ulloa, papel que le destaparía como actor cómico.

A partir de 1998 empezaría una serie de películas con sus amigos de siempre Willy Toledo y Ernesto Alterio: Insomnio, Los lobos de Washington (1999) o La mujer más fea del mundo (1999).

Pero su gran salto a la fama vino indiscutiblemente con El otro lado de la cama (2002), su secuela Los dos lados de la cama y Días de fútbol. Por su interpretación en El otro lado de la cama, San Juan obtenía su primera nominación al Goya

En 2004 interpreta al preso Juan José Garfia en Horas de luz con Emma Suárez como mujer de Juanjo. Obteniendo por ello los premios como Mejor Actor en el Festival de Cine Español de Toulouse y en los Premios San Pancracio.

En 2006 rueda Bajo las estrellas a las órdenes de Félix Viscarret obteniendo el premio Biznaga de Plata al Mejor Actor en el X Festival de Málaga. Por este papel, el 3 de febrero de 2008 gana el premio a la mejor interpretación masculina de la XXII edición de los Premios Goya.

No obstante, se considera más vinculado al teatro, junto a Guillermo Toledo y Ernesto Alterio crea el grupo de teatro Animalario, con el que ganarían el premio a grupo teatral revelación en el 2005. Es autor de obras como Que te importa que te ame y El Fin de los sueños obteniendo por esta última el Premio Max de Teatro Alternativo. Alberto San Juan fue nominado como actor protagonista en la XI edición de los Premios Max por la obra Marat Sade, estrenada en 2007.

En octubre de 2009, fue galardonado con el premio al mejor actor en la Semana Internacional de Cine de Valladolid, por su interpretación en la película La isla interior.

En 2013 ficha por la serie de televisión Gran Reserva junto a Verónica Sánchez, Marta Torné y Pablo Castañón.

Filmografía
2012 - UNA PISTOLA EN CADA MANO. Cesc Gay
2012 - LA MONTAÑA RUSA. Emilio Martínez Lázaro
2011 - MIENTRAS DUERMES. Jaume Balagueró
2010 - LA ISLA INTERIOR. Dunia Ayaso y Félix Sabroso
2009 - LA VERGÜENZA. David Planell
2007 - GENTE DE MALA CALIDAD. Juan Cavestany
2007 - CASUAL DAY. Max Lemcke
2007 - BAJO LAS ESTRELLAS. Félix Viscarret
2006 - DÍAS DE CINE. David Serrano de la Peña
2005 - LOS 2 LADOS DE LA CAMA. - Emilio Martínez Lázaro
2004 - AGUJEROS EN EL CIELO. Pedro Mari Santos
2003 - HORAS DE LUZ. Manolo Matjí
2003 - HAZ CONMIGO LO QUE QUIERAS. Ramón de España
2002 - DÍAS DE FÚTBOL. David Serrano de la Peña
2001 - VALENTÍN. Juan Luis Iborra
2001 - NO DEJARÉ QUE NO ME QUIERAS. José Luis Acosta
2001 - EL OTRO LADO DE LA CAMA. Emilio Martínez Lázaro
1999 - KM. 0. Yolanda García Serrano y Juan Luis Iborra
1999 - SAN BERNARDO. Juan Potau
1999 - SOBREVIVIRÉ. David Menkes y Alfonso Albacete
1999 - LA MUJER MÁS FEA DEL MUNDO. Miguel Bardem
1998 - LA SOMBRA DE CAÍN. Paco Lucio
1998 - LOS LOBOS DE WASHINGTON. Mariano Barroso
1998 - LA CIUDAD DE LOS PRODIGIOS. Mario Camus
1998 - ENTRE LAS PIERNAS. Manuel Gómez Pereira
1998 - INSOMNIO. Chus Gutiérrez
1996 - AIRBAG. Juanma Bajo Ulloa