Interviene en la comedia romántica de la CBS, How I Met Your Mother, que se estrenó el otoño pasado.

En la gran pantalla, Hannigan es más conocida por sus cómicas intervenciones en la trilogía American Pie (American Pie, American Pie 2 y American Pie, ¡Menuda boda!).

Hannigan intervino en el popular drama "Buffy, cazavampiros" desde 1997 hasta 2003. En el mismo, encarnaba a 'Willow Rosenberg', la mejor amiga y confidente de Buffy (Sarah Michelle Geller) con su cómico e irónico ingenio.

Natural de Washington, D.C., Hannigan se trasladó a vivir a Atlanta a los dos años de edad. Empezó su carrera en Atlanta haciendo publicidad, trabajando con asiduidad en anuncios nacionales para marcas como McDonald's, los parques de atracciones de Six Flags y las galletas Oreo. A los 11 años, se mudó a Los Ángeles con la esperanza de trabajar en el mundo del cine y la televisión.

Hannigan se dio a conocer a los 13 años, al ser elegida para interpretar a la incomprendida hija de Dan Aykroyd en el filme, Mi novia es un extraterrestre. Posteriormente, sería artista invitada en diversos y populares programas de televisión, entre los que se pueden destacar Picket Fences, Roseanne y Tocado por un ángel. Hannigan tuvo un papel periódico en la serie Almost Home y un papel fijo en Free Spirit. También intervino en la película de Paramount, Claúsula de escape, dando la réplica a Tom Everett Scott.