Surgió de los fructíferos escenarios teatrales de Chicago a principios de los 80. Algunos de sus papeles, como Jean en Miss Julie (de August Strindberg), Aaron en Titus Andronicus (de Shakespeare); y Geisler en A Constant Wish (de Glen DeCoasta) atrajeron por igual la atención de la crítica y el público. Debutó en las pantallas como vikingo en Bad Boys, protagonizada por el entonces poco conocido Sean Penn, atrayendo inmediatamente las miradas de Hollywood.
Desde su franco personaje de Rawhide en esa favorita del cine de culto, Las aventuras de Buckaroo Banzai, o el despiadado Capitán Hadley de Cadena Perpetua, al villano inmortal Kurgan en Los Inmortales, la trayectoria de Brown ha sido distinguida a la par que extravagante.
Sus películas han abarcado desde el género del suspense (Acero azul, Donor Unknown, Sombras del pasado, Ambición sin escrúpulos) al drama realista (Rescate desesperado, Amor, mentiras y asesinato, The Man Who Broke 1000 Chains); desde la comedia familiar (Flubber y el profesor chiflado, Radiant City, Milagro a la carta) al drama social (Pena de muerte, Last Light, Perversiones de mujer, Huracán Carter, El crimen de Laramie); y desde el cine de acción (Starship Troopers, Traición sin límite, Dispara a matar) al mundo animado (Bob Esponja, La liga de la justicia, Super Robot Monkey). Algunos de sus trabajos incluso suponen un desafío a la clasificación convencional (La prometida, Cast a Deadly Spell, Johnny Ryan).
Su participación más reciente ha sido en la serie de la HBO ganadora de un premio Emmy®, Carnivale, como el hermano Justin Crowe, predicador de 1934, y en la película nominada a los Emmy Normal junto a Jessica Lange. Además, el verano pasado llevó su personaje de Kangrejo a la gran pantalla en Bob Esponja, la película.
Originario del pueblo rural de Urbana, al suroeste de Ohio, en donde sigue viviendo su familia, que dirige el periódico local. Clancy Brown acudió a la Northwestern University con una beca de atletismo y continúa siendo alumno de la misma.