A lo largo de estos últimos años, Emily Watson se ha convertido rápidamente en una de las actrices más reconocidas de la industria del espectáculo. La primera ocasión en que logró atraer la atención internacional fue con su inolvidable interpretación como "Bess" en el film de Lars Von Trier, Rompiendo las olas (Breaking the Waves, 1996), por lo demás su primer largometraje. Por este emotivo trabajo, fue objeto de sendas nominaciones a los Oscars y a los Globos de Oro y se hizo acreedora del premio del círculo de críticos de Nueva York y del Félix a la mejor actriz, además del galardón del Círculo de críticos cinematográficos de Londres a la mejor debutante británica de 1997.
Watson recibió segundas nominaciones a los Oscars y a los Globos de Oro, además de nominaciones a los SAG y los BAFTA en la calidad de mejor actriz de 1999 por su irresistible interpretación como "Jackie" en el film de October Films, Hilary y Jackie (Hilary and Jackie, 1998). El film es la historia trágica y conmovedora de la célebre violonchelista Jacqueline du Pre, que dirigió Anand Tucker.
Recientemente, la actriz ha participado en el muy esperado drama de Charlie Kaufman, Synedoche, New York (2008). La cinta se centra en un conflictivo autor teatral (Philip Seymour Hoffman) atrapado en la batalla de saber llevar su labor y la convivencia con su esposa en tanto trata de crear una réplica a tamaño real de Nueva York en un gran almacén como parte de su nueva pieza.
Este pasado año, la actriz intervino en Miss Potter (Miss Potter, 2006), junto a Renee Zellweger y Ewan McGregor. Bajo dirección de Chris Noonan, este biopic resigue la vida de Beatrix Potter (Zellweger), la autora de "The Tales of Peter Rabbit," y de su lucha por sobreponerse a una madre dominante y nada alentadora, así como también a la represión social de la Inglaterra victoriana. También integró el reparto de conjunto de Wah-Wah (2005), un drama familiar enmarcado en 1969 en Suazilandia, con Gabriel Byrne y Miranda Richardson, además de aparecer en The proposition (2005), con Guy Pearce, Liam Neeson, y John Hurt. Ms. Watson también contribuyó en Crusade (2006), una adaptación en inglés de la novela de Thea Beckman, "Crusade in Jeans," y seguidamente se la vio en el film fantástico Mi monstruo y yo (The Water Horse (2007).
En 2005, Watson contribuyó a La novia cadáver (Corpse Bride, 2005) de Tim Burton, un largo de animación por stop motion (fotograma a fotograma) coprotagonizado junto a Johnny Depp y Helena Bonham-Carter, todos aportando sus voces. La novia cadáver resultó nominada a los premios de la Academia en el apartado de mejor largometraje de animación. La actriz igualmente fue protagonista de Laberinto de mentiras (Separate Lies (2005), junto a Tom Wilkinson y Rupert Everett. Por otro lado, Watson recibió una nominación a los Globos de Oro por su interpretación como Anne Sellers en el telefilm Llámame Peter (The Life and Death of Peter Sellers, 2004) de gran reconocimiento por parte de la crítica.
Otros créditos en el haber de la actriz son la comedia romántica nada convencional Punch-Drunk Love (Punch-Drunk Love, 2002), de Paul Thomas Anderson, en que es coprotagonista junto a Adam Sandler; Dragón rojo (Red Dragon, 2002) la precuela de El silencio de los corderos (Silence of the Lambs, 1991), que dirigiera Brett Ratner y protagonizara Edward Norton, Ralph Fiennes y Sir Anthony Hopkins; Gosford Park (Gosford Park, 2001), de Robert Altman; Abajo el telón (Cradle Will Rock, 1999) de Tim Robbins; Las cenizas de Ángela (Angelas Ashes, 1999), de Alan Parker, según la adaptación de las memorias premiadas con Pulitzer de Frank McCourt, en que la actriz asume el papel protagonista; y Trixie (Trixie, 2000), de Alan Rudolph, donde resulta coprotagonista junto a Nick Nolte. Igualmente, protagonizó junto a John Turturro, La defensa Luzhin (The Luzhin Defense, 2000), dirigida por Marleen Gorris, según la novela de Nobokov; The Boxer (The Boxer, 1997), de Jim Sheridan, junto a Daniel Day-Lewis; y Metroland (Metroland, 1997), donde también actuaba Christian Bale, cinta basada en la novela de Julian Barnes.
Para televisión, Watson ha sido protagonista como Maggie Tulliver en la magistral producción teatral de la BBC de la pieza de THE MILL ON THE FLOSS.
Toda una veterana de la escena londinense, entre las piezas teatrales en que Watson ha participado cabe citar THREE SISTERS; THE CHILDRENS HOUR, en el Royal National Theatre; y THE LADY FROM THE SEA. En otoño de 2002, protagonizó en el Donmar Warehouse Theatre dos producciones simultáneas: UNCLE VANYA, donde encarnaba a Sonya, y TWELFTH NIGHT, como Viola, ambas dirigidas por el oscarizado director Sam Mendes [American Beauty (American Beauty, 1999); Camino a la perdición (The Road to Perdition, 2002)]. Esas producciones, muy reconocidas por la crítica, también se representaron por periodo muy corto en la Brooklyn Academy of Music de la ciudad de Nueva York. Asimismo, ha trabajado extensamente con la Royal Shakespeare Company en producciones tales como JOVIAL CREW, THE TAMING OF THE SHREW, ALLS WELL THAT ENDS WELL y THE CHANGELING. Watson vive en Londres con su esposo Jack Waters y su hija Juliet.