Empezó su carrera en 1986 en el papel del joven Francis Phelan en "Tallo de Hierro" de Héctor Babenco, junto a Jack Nicholson y Meryl Streep. Desde entonces ha aparecido en más de 60 películas y producciones de televisión como "Campo de Sueños" con Kevin Costner, "El Novato" con Marlon Brando y "Nacido el Cuatro de Julio" con Tom Cruise. Otros créditos en cine incluyen "Career Opportunities", "The Doors", "JFK", "Hoffa", "Rebeldes del Swing", Pulp Fiction" y su memorable papel como el atormentado asistente de Kevin Spacey en "Factor Sorpresa". Apareció en "Escuela de Rock", El Dragón Rojo" y el pasado verano en el éxito de taquilla "World Trade Center", en la que trabajó con Oliver Stone por cuarta ocasión.

Los créditos de Whaley en televisión incluyen: "Mrs. Harris" junto a Annette Bening, "When Trumpets Fade" y la serie de HBO "Curb Your Enthusiasm". También protagonizó "Homage" con Blythe Danner y "The Wall" con Edward James Olmos. Whaley ha protagonizado numerosas películas para televisión y mini series como "To Dance With The White Dog" con Hume Cronyn y Jessica Tandy, "Fatal Deception" con Helena Bonham Carter y "The Desperate Trail" con Sam Elliot. Frank protagoniza junto a Sam Shepard la próxima película de ABC/ESPN, "Ruffian". Whaley reside en la Ciudad de Nueva York con su esposa Heather y sus dos hijos.