Tras trabajar como actor en su nativo México desde su infancia, Gael García Bernal hizo su debut cinematográfico en la película "Amores Perros" de Alejandro González Iñárritu, nominada a los Premios Oscar ® de la Academia. Su sorprendente actuación en esta aclamada película le hizo obtener un Premio Ariel de Plata (equivalente a los Premios Oscar ® de la Academia en México), así como un Premio Hugo de Plata en el Festival de Cine Internacional de Chicago, ambos en la categoría de Mejor Actor.
El siguiente papel del Sr. Bernal fue en otra película mundialmente célebre: la película nominada a los Premios Oscar ® de la Academia "Y Tu Mamá También", de Alfonso Cuáron, protagonizada junto a su gran amigo Diego Luna. Por sus actuaciones, los dos amigos fueron seleccionados conjuntamente para el Premio Marcello Mastroianni en el Festival de Cine de Venecia.
Posteriormente actuó en el papel principal en el drama romántico nominado a los Premios Oscar ® de la Academia de de Carlos Carrera: "El Crimen del padre Amaro". Su actuación le valió ser galardonado con el Premio Diosa de Plata en la categoría de Mejor Actor otorgado por los periodistas de cine mejicanos, así como una nominación de la Asociación de Críticos de Cine de Chicago en la categoría de Actor más Prometedor.
El año 2004, mostró ser un año de mucho progreso para él. Protagonizó "Diarios de motocicleta" de Focus Features, dirigida por el galardonado director brasileño: Walter Salles. Recibió excelentes críticas por su interpretación del joven Che Guevara en los Festivales de Cine de Cannes y de Sundance. La película fue nominada en la categoría de Mejor Actuación por un actor en un papel principal a los Premios de la Academia Británica de las Artes, el Cine y la Televisión y recibió el reconocimiento del Club de Cine como Estrella masculina del mañana. Posteriormente, en noviembre, el público pudo verlo en la película aclamada por la crítica: "La mala educación", dirigida por el famoso director español Pedro Aldomovar. En la película, aceptó el desafío de interpretar a tres personajes complejos.
Más tarde ese año, el Sr. Bernal hizo su debut teatral de Londres como el personaje principal en la obra "Bodas de sangre" de Federico García Lorca. Luego, regresó a la pantalla grande en el drama independiente de James Marsh: "The King", en la que actuó junto a William Hurt, interpretando a un hombre joven que regresa a casa después de ser licenciado de la Marina.
Después de "The Kingž" el Sr. Bernal protagonizó "La ciencia del sueño" de Michel Gondry" donde interpretó a Stéphane Miroux, un hombre en trance por sus propios sueños e imaginación. Continuando con su apretada agenda, el Sr. Bernal co-protagonizó junto a Brad Pitt y a Cate Blanchett en la película "Babel". La película, dirigida por Alejandro González Inárritu, recibió varios premios de la crítica, siete nominaciones a los Premios Oscar ® de la Academia y ganó el Premio Globo de Oro, en la categoría de Mejor Película drama.
Poco después, el Sr. Bernal fue visto en la película de Héctor Babenco: "El Pasado". La película de suspense se centra en el personaje de Bernal, cuya ex esposa lo acosa tanto a él como a sus nuevos intereses amorosos. Al poco tiempo, el Sr. Bernal filmó la comedia dramática "Rudo y Cursí" y "A ciegas (Blindness)" de Carlos Cúaron, junto a Julianne Moore y Mark Ruffalo.
Además de actuar, el Sr. Bernal ha asumido las funciones de director y de productor. Hizo su debut como director con "Déficit". Basado en el proyecto de televisión Ruta 32, que también produce Bernal, la película "Déficit" trata de la vida de dos familias de diferentes clases sociales que confluyen en una reunión familiar en México.
A continuación, el Sr. Bernal participó en "Mammut" protagonizada por Michelle Williams y dirigida por Lukas Moodysson. También en 2009, el Sr. Bernal fue visto en "Los límites del control" junto a Tilda Swinton y dirigida por Jim Jarmusch
El Sr. Bernal también fundó la productora Canana, junto con su gran amigo, el actor Diego Luna y el productor Pablo Cruz. Canana fue creada con el objetivo de dar a conocer aún más la popularidad del cine mexicano y para demostrar que las películas independientes de México también pueden encontrar público local.