Formado en teatro y cine, Jesse Eisenberg debutó en un largometraje en 2002 con la película independiente Cosa de hombres, coprotagonizada por Campbell Scott. El filme fue nominado a un premio Gotham.
Eisenberg fue nominado al premio Independent Spirit y al premio de la Asociación de críticos de cine de Boston en la categoría de Mejor actor de reparto por su interpretación en Una historia de Brooklyn, coprotagonizada por Laura Linney y Jeff Daniels.
En 2009 protagonizó Adventureland con Kristen Stewart para el director Greg Mottola y Bienvenidos a Zombieland, con Woody Harrelson para el director Ruben Fleischer. Fue nominado a un premio BAFTA por estas películas.
Eisenberg también protagonizó La red social para el director David Fincher y por ella fue nominado al Oscar®, al Globo de Oro, BAFTA, y SAG en la categoría de Mejor actor. El National Board of Review y la Sociedad nacional de críticos de cine lo nombraron Mejor actor.
Actualmente está rodando el drama independiente Predisposed frente a Melissa Leo y Tracy Morgan y éste verano comenzará la producción de la comedia The Bop Decameron de Woody Allen.
En teatro Eisenberg ha participado recientemente en Scarcity, representada en Atlantic Theater Company, y encarnó a Philip, junto a Al Pacino, en Orphans, una obra teatral de Lyle Kessler.
Eisenberg también escribe. Su obra teatral titulada Asuncion se estrenará este otoño en The Cherry Lane Theater, en el circuito off-Broadway. Además, contribuye frecuentemente en McSweeneys de Dave Eggers y es el creador del sitio web de juegos de palabras OneUpMe.com.