Joaquin Phoenix nació en Puerto Rico y empezó su carrera como intérprete a los ocho años de edad. En esa época, realizó numerosas apariciones en series de televisión de gran éxito como "Canción triste de Hill Street", "Se ha escrito un crimen" o "The Fall Guy". Formó parte del reparto habitual de la efímera serie de televisión de la cadena CBS de 1986 "Morningstar/Eveningstar", y ese mismo año conseguiría su primer papel principal para la gran pantalla en "S.O.S.: Equipo Azul". Al año siguiente, protagonizaría "Rusos" con su hermana Summer y Carole King. Dos años más tarde, el director Ron Howard lo eligió para interpretar al hijo de Dianne Wiest en la popular comedia familiar "Dulce hogar... ¡a veces!". El joven actor no volvería a trabajar hasta 1996, con una impresionante interpretación alabada por la crítica frente a Nicole Kidman y bajo la dirección de Gus Van Sant en "Todo por un sueño". Después coprotagonizaría junto a Liv Tyler, Billy Crudup y Jennifer Connelly "El secreto de los Abbott", en 1997. Ese mismo año, intervino frente a Claire Danes, Sean Penn y Jennifer Lopez en el thriller de Oliver Stone "Giro al infierno".
En 1998, Phoenix interpretó junto a Vince Vaughn dos papeles muy distintos, el de un estadounidense encarcelado en Malasia por posesión de drogas que en realidad pertenecen a su cómplice (Vaughn) en "Regreso al paraíso", y como primo de un persuasivo asesino en serie (Vaughn) en la comedia de humor negro "Demasiado profundo". Phoenix cosecharía a continuación grandes elogios como el avispado dependiente de una librería para adultos que ayuda al detective interpretado por Nicolas Cage a descubrir la verdad tras lo que parece ser una película snuff en el oscuro thriller de Joel Schumacher "Asesinato en 8 mm".
En el año 2000, conseguiría su primera nominación al Óscar frente a Russell Crowe como el complejo emperador Cómodo en la ganadora del Óscar a la "mejor película" de Ridley Scott "Gladiator". Además de la nominación al Óscar al "mejor actor de reparto", Phoenix obtendría nominaciones al Globo de Oro y a un premio BAFTA. Recibiría galardones al "mejor actor de reparto" de la National Board of Review y de la Broadcast Films Critics Association. También ganó un premio de los Broadcast Film Critics al "mejor actor de reparto" por la cinta nominada al Óscar de Philip Kaufman "Quills", basada en la obra de Douglas McGrath sobre el marqués de Sade, en la que intervenía junto a Kate Winslet y Geoffrey Rush. Ese mismo año, protagonizó frente a Mark Wahlberg, James Caan, Faye Dunaway, Ellen Burstyn y Charlize Theron el filme de James Gray "La otra cara del crimen".
En 2002, protagonizó frente a Mel Gibson "Señales", de M. Night Shyamalan, con quien volvió a colaborar dos años más tarde en el thriller gótico "El bosque (The Village)".
Phoenix aportó su voz a la cinta de animación "Hermano oso", tras la que vendrían "Its All About Love", de Thomas Vinterberg, "Buffalo Soldiers", "Brigada 49" y "Hotel Rwanda".
En 2006, Phoenix recibió grandes elogios por su interpretación del legendario cantautor Johnny Cash (frente a la actriz ganadora del Óscar Reese Witherspoon) en el biopic de James Mangold "En la cuerda floja". Gracias a este trabajo, obtuvo su segunda nominación al Óscar (como "mejor actor") y ganó el Globo de Oro al "mejor actor en un musical", así como sendas nominaciones a los premios BAFTA, del Sindicato de Actores (SAG), de la BFCA y de la Crítica Cinematográfica de Chicago.
En 2007, Phoenix protagonizó dos películas, la producción de Sony Pictures "La noche es nuestra", en la que se reuniría con Mark Wahlberg y el director James Gray, así como el conmovedor drama "Un cruce en el destino", del director Terry George. Al año siguiente, en lo que supondría su tercera colaboración con James Gray, protagonizó "Two Lovers", frente a Gwyneth Paltrow.
El 27 de octubre de 2008, Phoenix anunció que se retiraba del cine para concentrarse en su carrera como rapero, aunque posteriormente se descubriría que el anuncio formaba parte de su papel como protagonista del falso documental "Im Still Here", dirigido por su cuñado, el actor Casey Affleck. La película se estrenó en el Festival de Cine de Venecia y en el Festival Internacional de Cine de Toronto en 2010 y se distribuyó en salas comerciales en el verano de 2010 de la mano de Magnolia Pictures.
A su regreso en 2011, protagonizó el filme de Paul Thomas Anderson "The Master", frente al difunto Philip Seymour Hoffman. Ese año, ambos ganaron la copa Volpi del Festival de Cine de Venecia. Además, fue nominado a un Óscar, un Globo de Oro y un premio BAFTA. A continuación, protagonizaría junto a Marion Cotillard y Jeremy Renner "El sueño de Ellis", en su cuarta colaboración con el director James Gray.
En 2014, protagonizó la galardonada cinta de Spike Jonze "Her", en la que se enamora de la voz de un sistema operativo, a la que Scarlett Johansson se encargó de dar vida. En marzo de 2015, regresaría a nuestra cartelera con su segundo trabajo con el director Paul Thomas Anderson, "Puro vicio", basado en la alabada novela de Thomas Pynchon.
Phoenix es un activista social que ha brindado su apoyo a numerosas organizaciones benéficas y humanitarias, entre las que destacan Amnistía Internacional, The Art of Elysium, HEART, The Peace Alliance (una organización que aboga por la creación de un Ministerio de la Paz para Estados Unidos) y está en la junta directiva de The Lunchbox Fund.
Phoenix narró "Earthlings for Nation Earth", un vídeo sobre la investigación de abusos animales en explotaciones ganaderas industriales, la cría industrial de mascotas, la industria y la investigación. En 2005, recibió el "Premio Humanitario" del Festival de Cine de San Diego por su labor y su contribución a "Earthlings". En 2005, puso voz al documental "Im Still Here: Real Diaries of Young People Who Lived During the Holocaust".
Phoenix también ha dirigido vídeos musicales para Ringside, She Wants Revenge, People in Planes, Arckid, Albert Hammond, Jr y Silversun Pickups.