Es un célebre cineasta de culto procedente de Baltimore. Con amigos suyos de dicha ciudad empezó a dirigir en los años 60 un puñado de polémicos títulos que se convirtieron en favoritos del circuito underground: el corto Roman Candles (su primer film con Divine y Mink Stole), Eat Your Makeup, The Diane Linkletter Story, Mondo Trasho (su primer largo, que les valió un arresto por exposición indecente), Multiple Maniacs, la famosa Pink Flamingos, Female Trouble (Cosa de hembras), Desperate Living, Polyester, Hairspray, fiebre de los 60 (su última película protagonizada por Divine, fue luego convertida en un musical que se estrenó en Broadway en 2002), Cry Baby (El lágrima), Pecker, Los asesinatos de mamá, Cecil B. Demente y la reciente A Dirty Shame. Waters ha publicado los libros "Shock Value", "Majareta", "Trash Trio", "Director's Cut" y, en colaboración con Bruce Hainley, "Art: A Sex Book". También ha expuesto sus fotografías en galerías de todo el mundo.