Hemos podido ver a Jackson compartiendo reparto con Sissy Spacek, William Hurt y Ben Kingsley en la pelícual de Disney "Tuck Everlasting" (El misterio del manantial), así como en la película de Warner Brothers "Insomnia" (Insomnio), donde daba la réplica a Al Pacino, Robin Williams y Hilary Swank.

Jonathan Jackson dió sus primeros pasos como actor a la edad de 11 años realizando diversos anuncios para televisión. Poco después obtuvo el papel de Lucky Spencer, el hijo de Luke y Laura en la serie de ABC "General Hospital" (Hospital General) que le valió tres Premios Emmy consecutivos (1995, 1998 y 1999), así como otras tres nominaciones (1996, 1997 y 2000). Además, ha recibido dos Premios Soap Opera Digest (1995 y 1999) y cuatro Premios Hollywood Reporter Youngster (1995, 1997, 1998 y 1999).

La crítica apaludió su actuación en "The Deep End of The Ocean" (En lo profundo del océano), donde daba la réplica a Michelle Pfeiffer y Treat Williams. Entre sus muchos trabajos cinematográficos cabe destacar la película independiente "True Rights", "The Smiling Suicide Club" (una producción de Jim Sheridan) y un papel protagonista en el thriller de Artisan "Skeletons in the Closet", donde comparte cartel conTreat Williams y Linda Hamilton. Entre sus créditos televisivos se incluyen "Trapped in a Purple Haze" y "The Legend of The Ruby Silver", así como las películas de Showtime "The Prisoner of Zenda" e "Inc.".