Jonathan Pryce estudió en la RADA. Tras licenciarse, se unió a la Liverpool Everyman Theatre Company, estando después una temporada con la Nottingham Playhouse bajo la dirección de Richard Eyre, para regresar posteriormente a la Everyman para una temporada como director artístico. En 1975, Pryce protagonizó "Comedians", a las órdenes de Sir Eyre, para protagonizar posteriormente la producción neoyorquina de la misma a las órdenes de Mike Nichols. Pryce obtuvo su primer Premio Tony por esta última interpretación, Más tarde, formaría parte durante una temporada del elenco de la Royal Shakespeare Company, interviniendo en "La fierecilla domada", "Marco Antonio y Cleopatra" y "Medida por medida". En 1980, Pryce actuó en el muy celebrado montaje de "Hamlet", bajo la dirección de Eyre.

Entre los primeros trabajos de Pryce en el cine se pueden destacar El viaje de los malditos, La rockera, El carnaval de las tinieblas y Ploughman's lunch. En 1984, actuó en el premiado largometraje de Terry William, Brazil; en "Muerte accidental de un anarquista", en Broadway; para regresar posteriormente a Inglaterra y actuar en "The doctor and the devils". En 1985, Pryce protagonizó junto a Vanessa Redgrave "La gaviota"; y las películas Terrorífica luna de miel, a las órdenes de Gene Wilder, y Jumping Jack Flash (y arranca la aventura); junto a Whoopi Goldberg.

En 1986, protagonizó Bala blindada, y se unió a la RSC para actuar en "Macbeth", bajo la dirección de Adrian Noble. En 1987, rodó Pasión devoradora y el filme de Terry William, Las aventuras del barón Munchausen. En 1988, Pryce intervino en la producción del West End de "El tío Vania", y en Seducir a Raquel.

Al año siguiente protagonizó The man from the pru. Luego, intervendría en "Miss Saigon", ganando el Premio Olivier a la Interpretación Más Destacada en un Musical interpretando el personaje de El Ingeniero. En 1991, acudió a la ciudad de Nueva York para recrear el papel en Broadway, y ganó los Premios Tony, Drama Desk y Outer Circle Critics como Mejor Actor en un Musical.

En 1992, actuó en Barbarians at the gate, La edad de la inocencia, Mr. Wroe's virgins y Great moments in aviation. Coprotagonizó Éxito a cualquier precio, junto a Al Pacino y Jack Lemmon, y Thicker than water.

En 1993, Pryce protagonizó Astucias de mujer, Shopping y Deadly Advice. En 1994, Pryce protagonizó, dando la réplica a Emma Thompson, la película Carrington. Ganó el Premio al Mejor Actor del Festival Internacional de Cine de Cannes en 1995 por el papel. En 1995, interpretó el personaje de Fagin en la producción de Cameron Mackintosh de "Oliver!", a las órdenes de Sam Mendes. En 1996, encarnó a Juan Perón en el largometraje Evita, dando la réplica a Madonna y a Antonio Banderas.

En 1997, Pryce interpretó al malvado de la decimoctava entrega de James Bond, El mañana nunca muere. En 1998, coprotagonizó, junto a Robert de Niro, Ronin; y Stigmata, al lado de Patricia Arquette. En 1999, rodó The suicide club; The testimony of Taliesin Jones; Very Annie Mary, con Rachel Griffiths; y Amor sin condiciones, con Rupert Everett y Kathy Bates.

En 2000, Pryce intervino en la película del director Bruce Beresford, Bride of the wind, y en El misterio del collar. Posteriormente, interpretaría el papel del professor Higgins en "My fair lady"; a las órdenes de Trevor Nunn, en el The Royal National Theatre, para continuar luego en el West End.

El año pasado, Jonathan rodó Un sueño para ella, una película coprotagonizada por Amanda Bynes y Colin Firth. También intervino en el filme de Gore Verbinsky, Piratas del Caribe: La maldición de la perla negra, junto a Johnny Depp, Kiera Knightly, Geoffrey Rush y Orlando Bloom. 2003 ha visto a Pryce protagonizar "A reckoning" en el Soho Theatre, bajo la dirección de Richards Seyd.