Kathy Baker logró tres premios Emmy, un Globo de Oro y un premio del Screen Actors Guild por su labor en la serie de televisión de la CBS, Picket Fences (Picket Fences, 1992-1996). Asimismo, también recibió una nominación a la mejor actriz secundaria en los Emmy de 2003 por De puerta en puerta (Door To Door, 2002), para la TNT, que logró ganar múltiples Emmys y un premio AFI al mejor conjunto creativo. Baker también fue nominada correlativamente a diversos Emmys por su interpretación como actriz invitada en Tocados por un ángel (Touched by an Angel, 2000) y Profesores de Boston (Boston Public, 2001-2002).
La actriz mantiene su papel en la exitosa franquicia de Jesse Stone para la CBS, protagonizada por Tom Selleck. Su personaje apareció en Jesse Stone: Sea Change (2007), y volverá a aparecer en las venideras quinta y sexta entregas: Jesse Stone: Thin Ice (2009) y No Remorse (2009). Asimismo, también protagonizará los venideros filmes independientes Miss Nobody (2009) y Shades of Ray (2008).
Por otro lado, Baker ha aparecido recientemente con un papel de actriz invitada en Anatomía de Grey (Greys Anatomy, episodio 2008), y le espera una serie de intervenciones como invitada en Saving Grace. En la pasada temporada, la actriz hizo un piloto para una serie de la CBS titulada Babylon Fields, coescrita y dirigida por Michael Cuesta, donde también son protagonistas Ray Stevenson y Amber Tamblyn. Otros trabajos televisivos en su haber son, apariciones como invitada en Nip/Tuck (Nip/Tuck, 2 episodios en 2005); contribuciones frecuentes en Boston Public (2001-2002); Picking Up, Dropping Off (2003); el telefilm para Showtime de Spike Lee, Sucker Free City (2004); La isla del santuario (Sanctuary, 2001); Ten Tiny Love Stories (2001); Cosas que diría con sólo mirarla (Things You Can Tell Just By Looking At Her, 2000); Ratz (2000), de Showtime; la miniserie de la CBS, Shake, Rattle & Roll: An American Love Story (1999); la serie de la TNT, Bull (2000); Lush Life (1993); Not in This Town (1997); A Season For Miracles (1999), que es un telefim de Hallmark Hall of Fame; y The Image (1999).
Su debut cinematográfico fue con Elegidos para la gloria (The Right Staff, 1983). La actriz ha aparecido en el remake de Todos los hombres del rey (All The Kings Men, 2006), dirigida por Steven Zaillian; el film independiente Nueve vidas (Nine Lives, 2005), dirigido por Rodrigo García; y el largo aclamado por la crítica Cold Mountain (Cold Mountain, 2003), así como El sueño de mi vida (13 Going on 30, 2004); Fathers and Sons (2005); Assassination Tango (2002); y Última sospecha (The Glass House, 2001). En el film oscarizado, Las normas de la casa de la sidra (The Cider House Rules, 1999), Baker compartió la nominación al premio de la Screen Actors Guild a la mejor interpretación de conjunto en largometraje. También tuvo un papel protagonista en el reciente largo de Sony Pictures Classics, Conociendo a Jane Austen (The Jane Austen Book Club, 2007), protagonizado por Maria Bello, Emily Blunt, Amy Brenneman y Hugh Dancy.
Otros largos en el haber de la actriz son El secreto de los Abbotts (Inventing the Abbotts, 1997), Feliz cumpleaños, amor mío (To Gillian on Her 37th Birthday, 1996); La chica del gángster (Mad Dog and Glory, 1993); Jennifer 8 (Jennifer Eight, 1992); Paro clínico (Article 99, 1992); Eduardo Manostijeras (Edward Scissorhands, 1990); El reportero de la calle 42 (Street Smart, 1987), que le significó el premio a la mejor actriz secundaria por parte de de la National Society of Film Critics; Alcohol y coca (Clean and Sober, 1988); Jacknife (Jacknife, 1988); Mi padre (Dad, 1989); Mister Frost (Mister Frost, 1990); y A Little Incide (1999).
Toda una veterana de los proscenios, Baker creó el personaje de May en la obra FOOL FOR LOVE, de Sam Shepard y, a solicitud del autor, llevó el papel a Nueva York junto con el coprotagonista, Ed Harris. Este movimiento resultó en un prestigioso Obie para Baker. Durante el siguiente año, Kathy continuó trabajando en otras exitosas producciones teatrales como DESIRE UNDER THE ELMS, y AUNT DAN AND LEMON. Regresó a los escenarios el año 2006 con una producción de South Coast Repertory de la pieza de Tracy Letts, A MAN FROM NEBRASKA, que dirigió William Friedkin.