Era uno de los actores más destacados de Japón mucho antes de ser descubierto internacionalmente en la película original japonesa Shall We Dance? (1996). Su interpretación de un hombre de negocios estresado con una pasión secreta contribuyó a que la película batiese récords de recaudación en taquilla en Estados Unidos para una película japonesa.

Ha interpretado papeles en numerosos títulos japoneses de éxito y muchas de sus películas se han presentado en el Festival Internacional de Cine de Cannes. En 1997, La anguila, de Shohei Imamura, ganó la Palma de Oro y Karisuma, de Kiyoshi Kurosawa, fue seleccionada para la Quincena de Directores del Festival de Cannes 1999. En el año 2000, Eureka, de Shinji Aoyama, obtuvo el Premio del Jurado de la Federación Internacional de la Prensa Cinematográfica (FIPRESCI) y el Premio del Jurado Ecuménico, y la película de Shohei Imamura Agua tibia bajo un puente rojo fue presentada al año siguiente. Yakusho obtuvo el Premio al Mejor Actor del Festival Internacional de Cine de Tokio en 1997 por su actuación en el thriller criminal Kyua, del guionista y director Kiyoshi Kurosawa, con el que colabora habitualmente. Agua tibia bajo un puente rojo también le reportó el Premio del Festival Internacional de Cine de Chicago al Mejor Actor en 2001.

Sus actuaciones en Shall We Dance?, Nemuru otoko y Shabu gokudo le valieron premios como Mejor Actor en casi todos los festivales de cine de Japón en 1996. Hasta la fecha, ha obtenido el Premio al Mejor Actor de largometraje de Japón en nueve ocasiones.

Otras películas protagonizadas por Yakusho y presentadas en festivales de cine del extranjero son Nemuru otoko (1996), Shitsurakuen (1997) y Dora-heita (2000). Sus trabajos más recientes han sido Jubaku: Spellbound (1999), Totsugekiseyo! Asama sanso jiken (2002), Dopperugenga (Doppelganger) (2002), Warai no daigaku (2004) y Lakeside Murder Case (2004). Su último trabajo ha sido el drama ambientado en la Segunda Guerra Mundial Lorelei: The Witch of the Pacific Ocean, del director Shinji Higuchi.