A Tom Noonan lo hemos visto últimamente en la primera temporada de la exitosa serie del canal Syfy titulada 12 Monos y próximamente aparecerá en la nueva serie del canal Cinemax titulada Quarry. Fue uno de los actores habituales en el canal AMC en Infierno sobre ruedas y próximamente podremos ver en la gran pantalla su obra teatral The Shape of Something Squashed, que se estrenó en marzo de 2014 en su teatro Paradise Factory. Formó parte del elenco de actores que ganó sendos premios Gotham e Independent Spirit al mejor reparto por la película de Charlie Kaufman, Synecdoche, New York aunque es más conocido por su trabajo en largometrajes tales como Hunter y RoboCop 2. Resulta inolvidable su aparición como actor invitado en las primeras temporadas de la serie de éxito del canal NBC, The Blacklist, así como en la serie del canal HBO, The Leftovers, y su participación en la serie del canal de televisión FX, Daños y perjuicios (Damages), en la que ha repetido durante varias temporadas, así como en Louie.

En su faceta como guionista y director, Tom Noonan ganó con su primera película What Happened Was… el Gran Premio del Jurado del Festival de Sundance al Mejor largometraje dramático y el premio Waldo Salt del mismo festival al Mejor guion, además de sendas nominaciones a dos premios Independent Spirit. Su segunda película, The Wife, fue incluida por el diario San Francisco Chronicle entre una de las 10 mejores películas de 1996 y una de las 10 mejores de la década (1990-2000) por la revista Art Forum.

Desde 1985, Noonan ha dedicado gran parte de su labor a su grupo de teatro Paradise Factory en la ciudad de Nueva York, en donde su faceta como dramaturgo le permitió ganar el premio OBIE en 1995 por su obra Wifey. En 1998, Noonan ganó la beca de la fundación Guggenheim en realización cinematográfica y ha sido profesor de cine en la Universidad de Yale (de la cual es antiguo alumno), en la Universidad de Columbia, en la Escuela de Artes Visuales y en la Universidad de Nueva York.