Tras pasar años apartados del mundo de los humanos, los hermanos Tortuga se proponen realizar actos heroicos para ganarse el corazón de los habitantes de Nueva York y ser aceptados como adolescentes normales. Su nueva amiga April O’Neil les ayuda a enfrentarse a un misterioso sindicato del crimen, pero pronto se ven sobrepasados ante el ataque de un ejército de mutantes se abalanza sobre ellos.