En Scooby-Doo 2: Desatado, Scooby y la pandilla pierden la calma - y su brillante reputación - cuando un anónimo villano enmascarado siembra el caos en la ciudad de Coolsville con una monstruosa máquina que recrea enemigos clásicos de Misterios SA. como el Fantasma del Pterodáctilo, el Fantasma del Caballero Negro, el Fantasma del Capitán Cutler y el Fantasma de los 10.000 Voltios.
Presionados por la implacable reportera Heather Jasper-Howe (Alicia Silverstone) y por los aterrorizados ciudadanos de Coolsville, los miembros de la pandilla emprenden una investigación sobre el misterioso brote de monstruos que hace que Shaggy y Scooby se cuestionen sus papeles en Misterios SA.
El siempre hambriento dúo, decidido a demostrar que son grandes detectives, se disfraza de manera extravagante en busca de pistas. Todos los indicios apuntan a Jeremiah "Old Man" Wickles (Peter Boyle), el antiguo Fantasma del Caballero Negro, que en el pasado fue desenmascarado por la pandilla y enviado a prisión. ¿Lanzó el repulsivo imitador el monstruoso ataque sobre Coolsville en una diabólica búsqueda de venganza?
Entretanto, la inteligente Velma (Linda Cardellini) se vuelve loca por otro sospechoso clave, el conservador del Museo de Criminología de Coolsville, Patrick Wisely (Seth Green), mientras que Fred (Freddie Prinze Jr.), el líder machista, y la coqueta Daphne (SARAH MICHELLE GELLAR) tratan de establecer la identidad de la Malvada Figura Enmascarada cuyo ejército de monstruos está sembrando el caos en Coolsville.