¿Cómo cambia un hombre el mundo?. Es una pregunta que obsesiona a Bruce Wayne (CHRISTIAN BALE) al igual que el fantasma de sus padres, muertos a tiros ante sus ojos en las calles de Gotham una noche que cambió su vida para siempre.

Atormentado por la culpa y la ira, luchando contra los demonios que alimentan su deseo de venganza y su necesidad de honrar el altruista legado de sus padres, el desilusionado heredero industrial desaparece de Gotham y viaja en secreto por el mundo, buscando los medios de luchar contra la injusticia y utilizar el miedo contra los que se aprovechan de los que tienen miedo.

En su búsqueda por aprender los entresijos de la mente criminal, Bruce es adiestrado por un misterioso hombre llamado Ducard (LIAM NEESON) en el dominio de las disciplinas físicas y mentales que le otorgarán el poder para combatir el mal que ha jurado destruir. Pronto se ve convertido en el objetivo de los intentos de reclutamiento de la Liga de las Sombras, un poderoso y subversivo grupo de vigilantes dirigido por el enigmático líder Ra's al Ghul (KEN WATANABE).

Cuando Bruce vuelve a Gotham encuentra la ciudad devorada por una delincuencia y una corrupción desenfrenadas. Wayne Enterprises, el antiguo bastión de ideales comerciales filantrópicos de su familia, ahora está en manos del presidente Richard Earle (RUTGER HAUER), un hombre más preocupado por conseguir que la compañía cotice en Bolsa que por servir al bien público.

Entretanto, la íntima amiga de la infancia de Bruce, Rachel Dawes (KATIE HOLMES), ahora ayudante del fiscal del distrito, no puede lograr que se condene a los delincuentes más conocidos de la ciudad porque el sistema judicial ha sido profundamente contaminado por escoria como el capo Carmine Falcone (TOM WILKINSON). No facilita las cosas el hecho de que el prestigioso psiquiatra de Gotham, el doctor Jonathan Crane (CILLIAN MURPHY) justifique la defensa por locura para los matones de Falcone a cambio de infames favores que sirven a sus propios y poco limpios asuntos.

Con la ayuda de su leal mayordomo Alfred (MICHAEL CAINE), el detective Jim Gordon (GARY OLDMAN) - uno de los pocos buenos policías de las fuerzas del orden público de Gotham - y Lucius Fox (MORGAN FREEMAN), su aliado en la división de Ciencias Aplicadas de Wayne Enterprises, Bruce Wayne libera a su imponente alter ego: Batman, un justiciero enmascarado que utiliza la fuerza, la inteligencia y un despliegue de artefactos de alta tecnología para combatir las fuerzas siniestras que amenazan con destruir la ciudad.