Michael Clayton trabaja para un famoso bufete de Nueva York, aunque no ejerce de abogado. Su especialidad es arreglar las cosas de la manera más limpia y rápida posible. No es ni policía ni abogado, sino la perfecta mezcla entre ambos: el perro guardián, el compañero fiel que siempre obedece y nunca pregunta. La vida de Michael se tambalea cuando su mejor amigo dentro del bufete, Arthur Edens, que durante seis años ha defendido los intereses de Agtek, una importante multinacional agro-química, descubre que un producto de la compañía ha provocado la intoxicación de cientos de granjeros. El comportamiento de Arthur hará peligrar la estabilidad y los intereses tanto del bufete como de la poderosa multinacional. Michael se ve atrapado entre la lealtad a su amigo y el cumplimiento de su deber.

Sinopsis larga
Michael Clayton (George Clooney) trabaja en uno de los bufetes más importantes de Nueva York. A instancias del cofundador de la empresa Marty Bach (Sydney Pollack), Clayton, que viene de una familia de policías, abandona su anterior trabajo como fiscal para hacer los trabajos más sucios de Kenner, Bach & Ledeen. Clayton se encarga de arreglar los líos en los que se meten los clientes del bufete, un puesto que le lleva a lidiar con cualquier cosa, desde atropellos con conductores dados a la fuga hasta historias perjudiciales que podrían aparecer en la prensa, pasando por mujeres cleptómanas y políticos deshonestos. A pesar de estar quemado y descontento con su trabajo, Clayton no puede desligarse de Kenner, Bach & Ledeen: se le amontonan las deudas después de su divorcio, sus problemas con el juego y un negocio fallido.

El futuro de la consejera delegada de la empresa agro-química U/North, Karen Crowder (Tilda Swinton), depende de la resolución multimillonaria de una querella colectiva que la empresa de Clayton parece estar llevando a buen puerto. Cuando el mejor fiscal de Kenner, Bach & Ledeen, el brillante Arthur Edens (Tom Wilkinson), sufre una crisis y posteriormente intenta sabotear el caso U/North, el bufete recurre a Michael Clayton para solucionar este desastre sin precedentes. Al hacerlo, Michael debe enfrentarse a la persona en la que se ha convertido.