El capitán Jean-Luc Picard (Patrick Stewart) y la tripulación de la Enterprise emprenden una misión diplomática para sellar la paz con los Romulanos. Pero al llegar a ese planeta alien, se enfrentan a una amenaza que podría suponer la destrucción de la Tierra. Y Picard se encuentra ante el rival más peligroso que ha conocido, que resulta ser una némesis sorprendentemente personal para él.

Tras muchos años de patrullar por el universo preservando la paz y promoviendo la buena voluntad entre humanos y aliens, la valiente tripulación de la Enterprise, que el capitán Picard ha considerado siempre como su familia, está empezando a disgregarse. El oficial Riker se ha casado con la consejera Deanna Troi y va a asumir el mando del USS Titan.

La Enterprise se desplaza de Alaska, tierra en donde nació Riker y en donde se ha celebrado la boda, a Betazed, planeta del que procede Troi y en donde va a celebrarse una segunda ceremonia nupcial. Durante el trayecto el ingeniero Geordi La Forge detecta una radiación electromagnética atípica procedente del planeta de Kolarus III. Al investigar, hallan los restos de un androide que bien podría ser el prototipo del propio teniente Data de la Enterprise.

Al retomar el rumbo a Betazed, la astronave vuelve a sufrir una distracción: Picard recibe un mensaje de la almirante Janeway (Kate Mulgrew). Los Romulanos, viejos enemigos de la Federación, han vivido un cambio de régimen político y su nuevo líder, el Praetor, quiere discutir un tratado de paz con la Federación. la Enterprise es la nave más cercana en ese momento a la Zona Neutral. Así que es misión de Picard y su tripulación responder a la llamada... y determinar si la oferta del Praetor es sincera.

Picard se sorprende al descubrir que el nuevo Praetor no es Romulano sino que procede de Remus, el planeta hermano de Romulus. En realidad, Shinzon (Tom Hardy), el líder, no es de Remus ni de Romulus sino que en realidad es... una réplica humana de Picard, fabricada con técnicas de bioingeniería por los Romulanos para reemplazar al capitán y utilizar al impostor como un arma contra la Federación. Sin embargo, este plan se abandonó tiempo atrás y Shinzon fue exiliado a las minas de dilitio de Remus.

Por desgracia Shinzon no desapareció sino que fue acogido por un enigmático habitante de Remus, el Virrey (Ron Perlman), que le ayudó a incrementar su poder. Hasta el punto de que Shinzon acabó imponiendo una dictadura militar sobre los Romulanos, convirtiéndose en su líder, el nuevo Praetor.

¿Está realmente interesado Shinzon, como le insiste a Picard, en firmar la paz y aliarse con la Federación? Shinzon posee un arma con un incalculable poder de destrucción, con la que podría destruir al Enterprise y a sus tripulantes, y aniquilar incluso al planeta Tierra. Y, por supuesto, Shinzon alberga una particular hostilidad contra Picard, quien se encuentra cara a cara ante al rival más peligroso con el que jamás se ha enfrentado.