1915. En una pequeña ciudad de Turquía la guerra parece lejana, lejanas las persecuciones contra la minoría armenia. Armenia es la familia Avakian, que abre su bella casa por el funeral de su patriarca. También el Coronel Arkan (Andrè Dussolier), representante de la autoridad turca, viene a rendir homenaje. "Gracias por este gesto de paz…" le murmura Aram (Tcheky Karyo) en nombre de la familia. Después de muchos años volverá de Italia el hijo mayor Assadour (Mariano Rigillo) que ejerce en Padua la profesión de médico: a él el padre le ha dejado la vieja Casa de las alondras. Aram con la mujer Arminech (Arsinee Khanjian), vivaz y exuberante, tía Hasmig, el pequeño Avetis (Nicolò Diana) y sus hermanas se preparan para acogerlo con impaciencia, mientras Nunik (Paz Vega), joven y exuberante, vive con ansiedad su relación escondida con Egon (Alessandro Preziosi), un joven oficial turco. Un amor peligroso, imposible. Egon pertenece al partido de los "Jóvenes Turcos" que se está organizando secretamente para realizar el mito de la "Gran Turquía".

La familia Avakian parece no advertir la tormenta que se está acercando: celebran la restauración de la casa bailando al son del Kocharì. Pero en mayo Italia se alinea junto a Francia contra Austria y el Imperio Turco. Las fronteras son cerradas. Assadour intenta inútilmente, afanosamente, partir. Tiene que permanecer en Italia mientras en Turquía el partido de los "Jóvenes Turcos" ordena la masacre de los armenios.

Se refugia ingenuamente en la Casa de las alondras, Aram y todos los hombres, también los niños son alcanzados por los soldados y masacrados. Las mujeres y Avetis, sobrevivido porque se travieste de mujer, se encaminan a marchas forzadas hacia el desierto, dónde son condenadas a morir.

Pero alguien sigue, a escondidas, al grupo: son Nazim (Mohammad Bakri)e Ismene (Ángela Molina). Él, un turco perteneciente a la "Hermandad de los Mendicantes", ha tenido siempre una fuerte conexión con la familia de Aram que, según los principios evangélicos de la sociedad armenia, respeta la pobreza; ella es una lamentadora griega, la "tata" de Nunik y de Avetis. En un momento de debilidad Nazim traiciona a la familia. Ahora, estremecido por la tragedia y por su culpa, está decidido a redimirse. Junto a Ismene salvará lo que quede de la familia, los pequeños y Armineh del cual ha siempre sentido en secreto una fascinación y la cual ahora se ha cerrado en un silencio de piedra. Salvará a Nunik que, para procurar comida a los suyos, ofrece su belleza, su virginidad a uno de los soldados turcos que vigila la fila de las deportadas. Es un joven soldado, Youssof (Moritz Bleibtreu), que desde el inicio de la marcha ha sido cautivado por la fiereza de Nunik. Desprecia a los camaradas que han gozado de las mujeres armenias cogiéndolas a la fuerza; prueba vergüenza ante Nunik que se ha desnudado en su tienda. Le cubre. Le respeta. Se encuentran aún: en Youssouf nace el amor, en Nunik gratitud y ternura.

Con la ayuda de la "Hermandad de los Mendicantes" de Aleppo, Nazim prepara la fuga. "Es para esta noche" confiesa Nunik a Youssouf que, desesperado, intenta inútilmente retenerla consigo. La carroza con los bajos está preparada en el borde del campo para recoger a los fugitivos. Pero algo mete en sospecha a los guardianes. Los niños y Armineh están por ser descubiertos. Para llamar la atención sobre ella, Nunik se separa de ellos, alcanza el centro del campo e inicia a cantar una canción armenia, "Ov Sirun sirun".

"Primero el fuego después la cabeza" ordena contra ella el comandante, según las leyes del campo. Entre los soldados está también Youssouf. Sus ojos encuentran los de Nunik que le imploran acordarse de su promesa: "No tengo miedo de la muerte, pero no me hagas torturar. Prométemelo!". Desesperado, Youssouf alza el arma hacia arriba. Mientras tanto Avetis y las niñas están corriendo hacia el mar, hacia Venecia, donde Assadour les está esperando en el muelle.

Cuatro años después. En el proceso para el crimen contra el pueblo armenio Youssouf denuncia la masacre. En primer lugar se denuncia a sí mismo por la matanza de Nunik Avakian, la mujer que ha amado.

Después de las primeras condenas los juicios fueron suspendidos. El pueblo armenio espera aún justicia.