La película recrea las aventuras de Soren, un joven búho cautivado por las historias épicas de su padre sobre los Guardianes de Ga’Hoole, una mítica banda de guerreros alados que lidiaron una dura batalla para salvar a toda la población de búhos de los malvados Pure Ones (Los Puros).

Mientras Soren sueña con unirse algún día a sus héroes, su hermano mayor, Kludd, se burla de ellos y ansía cazar, volar y arrebatarle a su hermano menor el favor de su padre. Pero la envidia de Kludd tendrá terribles consecuencias, ocasionando que los pequeños búhos caigan de su casa, en la copa del árbol, directamente a las garras de Los Puros. Ahora depende de Soren que puedan conseguir una arriesgada escapada, con la ayuda de otros jóvenes y valientes búhos. Juntos surcan los mares y atraviesan las más espesas nieblas, en busca del Gran Árbol, hogar de los legendarios Guardianes de Ga’Hoole, la única esperanza que le queda a Soren para derrotar a Los Puros y salvar el reino de los búhos.