En 1937, la ciudad de Nanking es el principal frente de la Guerra entre China y Japón. John Miller (Christian Bale) llega a una iglesia católica para preparar el entierro de un sacerdote. A su llegada, el joven norteamericano, que trata de aprovecharse de las necesidades de la guerra, se ve convertido en el único adulto entre un grupo de alumnas que viven escondidas en el convento. Poco después, buscarán refugio en la misma iglesia varias prostitutas de un burdel cercano.

Cuando John se encuentra en la posición indeseada de protector de los dos grupos ante los horrores del ejército invasor japonés, descubre el significado del sacrificio y el honor.