Thomas se despierta en un ascensor, que asciende lentamente. Cuando la caja se detiene y las puertas se abren, Thomas se ve en medio de un grupo de chicos que le dan la bienvenida al Claro: un enorme espacio abierto flanqueado por gigantescos muros de hormigón. Su mente está totalmente en blanco. No tiene ni idea de dónde está, no sabe de dónde viene y no puede recordar ni a sus padres, ni su pasado, ni siquiera su propio nombre.

Ni Thomas ni el resto de sus compañeros saben cómo ni por qué han llegado al Claro. Sólo saben que las gigantescas puertas de hormigón que conducen al Laberinto se abren cada mañana. Que todas las noches, con la puesta de sol, se vuelven a cerrar. Y que, cada treinta días, un chico nuevo llega en el ascensor. El predecible comportamiento del Laberinto hizo que la llegada de Thomas fuera esperada. Lo que no era esperable es que la caja apareciera de nuevo, menos de una semana después, portando a Teresa, la primera chica en llegar al Claro.

Thomas descubre que cada habitante del Claro tiene asignada una tarea, desde trabajos de jardinería o construcción a ser uno de los corredores de élite que elaboran el mapa de los muros del Laberinto que los mantiene cautivos y cuya configuración cambia cada noche. Los Corredores del Laberinto corren contrarreloj intentando cubrir el mayor terreno posible antes de que acabe el día, cuando el Laberinto se cierra herméticamente y los mortíferos Laceradores biomecánicos deambulan por las galerías de la gigantesca estructura de hormigón.

Aun siendo un recién llegado o "novato", Thomas siente una inquietante familiaridad hacia el Claro y el Laberinto. Hay algo profundamente guardado en su memoria que, de hecho, puede ser la clave para resolver los misterios del Laberinto y, tal vez, del mundo que se encuentra más allá.