Ben y Saoirse viven en un faro, en la parte más alta de una pequeña isla, con su padre, que para protegerlos de los peligros del mar los envía a vivir con su abuela a la ciudad. Allí Ben descubre que su hermana pequeña es una Selkie, un hada del mar, una niña foca que con su canción puede liberar a los seres mágicos del sortilegio que les hizo la Bruja de los búhos.

En un viaje fantástico, Ben y Saoirse se enfrentarán a miedos y peligros, y lucharán contra la Bruja para ayudar a los Seres Mágicos a recuperar su poder.

La película está inspirada en las selkies, seres mitológicos del folclore irlandés que viven como focas en el mar pero se convierten en humanos al salir a la tierra y despojarse de su piel.