Molotov inicia su trayectoria con Micky Huidobro, Tito Fuentes, Javier de la Cueva y La Quesadillera (batería) en Septiembre de 1995. El batería es sustituido inmediatamente por Randy Ebright. En Febrero de 1996, Javier de la Cueva, apodado "J" abandona el grupo y es reemplazado por Paco Ayala.

Durante 1996. Molotov toca en el circuito de baretos de la Ciudad de México y empieza a crear fieles seguidores. Telonean a los Héroes del Silencio en Monterrey, a La Lupita en Puebla y Guadalajara con La Cuca. Fue un concierto en donde la banda abría para Illya Kuryaki & The Valderramas, cuando la gente de Universal les propuso grabar un disco.

Empiezan las grabaciones del álbum debut de Molotov en Febrero de 1997; ¿Dónde Jugarán las Niñas? aparece en el mercado causando enorme controversia, con tiendas negándose a venderlo por sus letras y su portada. Molotov sale a vender sus discos en la calle, protestando así contra la censura que estaban recibiendo. El disco es nominado para el premio Grammy (internacional) en la primera categoría de su género como: "Mejor Interpretación de Rock Latino/Alternativo". El disco consigue siguientes reconocimientos: doble Platino en España, Platino en Chile y en Estados Unidos; Cuádruple disco de oro en México, Oro en Argentina, Colombia.

En Noviembre 1998, Molotov gira por los Estados Unidos al lado de grupos alternativos conocidos como: Deftones y Quicksand, se realiza en apoyo a Molomix un disco de remixes que presenta una versión irreverente, pero divertida, del clásico de Queen, "Bohemian Rhapsody" titulada: "Rap, Soda y Bohemia", además de presentar una nueva canción satírica llamada: "El Carnal de las Estrellas".

En Abril de 1999, Molotov entra en el estudio con el legendario productor/ingeniero de los Beastie Boys, Mario Caldato Jr., para iniciar la grabación de su segundo álbum Apocalypshit. En Septiembre el disco sale a la venta.

Entre Junio y Septiembre de 2002, Molotov graba Dance and Dense Denso, en el Larabee Studios. Producido como parte del anterior por Gustavo Santaolalla. El disco sale a la venta en Febrero de 2003 anticipado por el single Frijolero, cuyo vídeo es galardonado con el Grammy Latino (2003) al Mejor Video Musical.